Structural Bioinformatics Group

Theses

The Structural Bioinformatics Group has opportunitues for motivated students that want to pursue their Bachelor, Master and Diplom Theses. Feel free to contact us!

Theses in preparation

Moritz Grahl Development of novel in silico method for the prediction of biosynthetic pathways
Master Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2018

Houda Nasser Analyse potenziell unwirksamer medikamentöser Therapie aufgrund langer Halbwertszeiten
Dissertation (Dr. med. dent.), Medizinische Fakultät, Charité - Universitätsmedizin Berlin 2018

Prashanth Devarakonda Molecular Similarity Approaches for Predicting hERG Channel Liabilities of Chemical Structures
Master Thesis (Life Science Informatics), Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universitaet Bonn 2017

Completed Theses

Paul Steinborn Analyse der schmerztherapeutischen Entlassungsmedikation an der Charite - Universitätsmedizin Berlin
Dissertation (Dr. med. dent.), Medizinische Fakultät, Charité - Universitätsmedizin Berlin 2017

Nicole Schröder Analyse potenziell unwirksamer medikamentöser Therapie aufgrund kurzer Halbwertszeiten
Dissertation (Dr. med. dent.), Medizinische Fakultät, Charité - Universitätsmedizin Berlin 2017

Deep Dhungel Analyses of the repurposing of previously withdrawn drugs
Bacherlor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2017

Mareike Franziska Mokroß Personalized drug-cocktail optimization: CYPs, phase II, transporters and food interactions
Master Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2017

Andreas Eckert Decision support for personalized medicine considering side effects, drug combinations and SNPs
Master Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2017

Janette Nickel-Seeber Analyse und Vorhersage von Interaktionen von kleinen organischen Molekülen und ihren medizinischen Zielmolekülen
Dissertation (Dr. rer. medic.), Medizinische Fakultät, Charité - Universitätsmedizin Berlin 2017

Bjoern-O. Gohlke Chemoinformatic data integration to analyse and predict drug-target interactions
Dissertation (Dr. rer. nat.), Freie Universitaet Berlin 2017

Fred Prackwieser Machine learning models for prediction of Cytochrome P450 substrate
Bacherlor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2016

Franziska Fritz In silico analysis of structures and taste relationship of bitter and sweet compounds
Bacherlor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2016

Ebru Shn Literature based mining of drug induced liver injury data
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2016

Priyanka Banerjee Development of chemoinformatics-based methods for computational prediction of off-target activities
Dissertation (Dr.rer.nat), Biologie Fakultät, Humboldt University Berlin 2016.

Chistopher Dommaschenz Text mining for personalized therapy
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2016

Pratik Dhakal Personalized pharmacotherapy
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2016

Svetlana Leng Analysis of drug half-lifes and doses
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2016

Herbert Schulz Machine learning algorithms for toxicity prediction
Master Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2016

Eren Altun Ligand-based pharmacophores for off-target prediction
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2015

Dennis Kusch Oral health Formulare in OpenMRS
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2014

Kateryna Budzyak Entwicklung von Pharmakophormodellen für Toxizitätstargets
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2014

Ana Valcheva Konformationsanalyse von kleinen Molekülen - Auswirkungen auf das Mapping von Pharmakophoreigenschaften
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2014

Wen Wei Rong: Vorhersage von Protein-Targets basierend auf chemischer Ähnlichkeit
Master Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2014

Melanie Liedke: Liganden-Docking an Ionenkanälen der Schmerzperzeption
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2014

Joachim von Eichborn: Bioinformatische Datenintegration und Analyse der Eigenschaften molekularer Interaktionen
Dissertation (Dr. rer. nat.), Freie Universitaet Berlin, FB Biologie, Chemie, Pharmazie

Janette Nickel: Analyse und Vorhersage von Interaktionen synaptischer Proteine
Diploma Thesis in Bioinformatics, Johann Wolfgang Goethe - Universität Frankfurt am Main 2012

Mareike Franziska Mokroß: Entwicklung und Implementierung einer Datenbank endodontischer Kasuistiken
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2012

Nikolai Genov: Cytochrome P450 - Drug Interactions in Cancer Treatment and augmented Healthcare
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2012

Thomas Meinel: Repräsentation von Biomolekülen und Bioereignissen durch Profile und Matrizen, deren Vergleichbarkeit durch Metriken und ihre Bedeutung in der Biomedizin
Dissertation (Dr. rer. medic.), Medizinische Fakultät Charité - Universitätsmedizin Berlin

Anton Mohrdieck: Auswertung einer Datenbank endodontischer Kasuistiken unter gendermedizinischem Aspekt
Hausarbeit, Medizinische Fakultät Charité - Universitätsmedizin Berlin 2012

Michael Hoffmann: Protein-Protein Interaktionen der Synapse
Hausarbeit, Medizinische Fakultät Charité - Universitätsmedizin Berlin 2012

Stefanie Klopotowsky: Drug-Cocktail Optimierung unter Berücksichtigung des Prodrug-Wirkmechanismus
Hausarbeit, Medizinische Fakultät Charité - Universitätsmedizin Berlin 2012

Sarah Preißner: Therapieoptimierung in der pädiatrischen Onkologie unter Berücksichtigung des Arzneimittel-Stoffwechsels
Hausarbeit, Medizinische Fakultät Charité - Universitätsmedizin Berlin 2012

Maximilian Utzinger: Drug-Cocktail Optimierung
Hausarbeit, Medizinische Fakultät Charité - Universitätsmedizin Berlin 2012

Florian Berweck: Arzneimittel-Zielprotein Beziehungen in der Synapse
Hausarbeit, Medizinische Fakultät Charité - Universitätsmedizin Berlin 2012

Georg Eibner: Konzeption und Implementierung einer Ressource für Liganden des TRPV1 Schmerzrezeptors
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2011

Patrick Germann: Analyse der molekularen Eigenschaften von promiskuitiven Liganden
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2011

Julian Veldboer: Vergleich der molekularen Fragmente von Medikamenten, toxischen Substanzen und Metaboliten
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2011

Simon Tausch: Untersuchung von Bindungstaschen und Aktiven Zentren bei Enzymen
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2011

Jan Schneider: Automatisiertes Docking von Molekülfragmenten
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2011

Isabell Nicolai: Erstellung einer Web-Präsenz endodontischer Kasuistiken
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2011

Wen Wei Rong: Analyse des Medikamenten-Stoffwechsels: ein Regel- und Datenbank-basierter Ansatz
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2011

Katharina Stenin: Modellierung synaptischer Proteinkomplexe
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2011

Roza Parol-Kryger: Investigation of sex and gender specific differences in Burkitt's lymphoma using microarry analysis
Master Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2011

Jessica Ahmed: Analyse und Vorhersage der Interaktionen von Wirkstoffen mit ihren Zielmolekülen zur Tumortherapie
Dissertation (Dr. rer. nat.), Freie Universitaet Berlin, FB Biologie, Chemie, Pharmazie

Katharina Schönrath: Database of solved and predicted structures oof presynaptic proteins
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2010

Aileen Chefai: Vorhersage der Süßkraft organischer Moleküle
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2010

Christian Matzig: Entwicklung und Implementierung eines Verfahrens zur Genese von Medikamenten aus typischen Fragmenten
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2010

Arno Wuithschick: Einordnung von Medikament-Zielprotein-Interaktionen zu Krebsarten mittels Text und Data Mining Analyseverfahren
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2010

Daniel Pommer: Vorhersage von Medikament-Zielprotein-Interaktionen durch Anwendung der Nebenwirkungsähnlichkeit zugelassener Medikamente
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2010

Martin Wettig: Vergleich von SVMs, ANNs und logistischer Regression zur Vorhersage von Prostatakarzinomen
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2010

Andreas Eckert: Analyse des Wirkprofils und Vorhersage von Therapeutika auf Grundlage der Target-Ausstattung von Tumorzellen
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2010

Ilona Barbara Gawronska: Homology modelling of cancer-relevant proteins
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2010

Ewelina Bakala: Ansatz zur individuellen Krebstherapie: Analyse der geschlechtsspezifischen Wirkung von Chemotherapeuika auf verschiedene Tumortypen
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2009

Björn Grüning: Analyse und Vorhersage der Eigenschaften und Wechselwirkungen kleiner organischer Moleküle
Master Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2009

Dominic Jansen: Klassifizierung der Diversität von Metabolit-Bindungsstellen unter Berücksichtigung der Proteinfaltung
Master Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2009

Raphael A. Bauer: Integration von Ligandenspezifika zur Simulation zellulärer Reaktionen
Dissertation (Dr. rer. nat.), Freie Universitaet Berlin, FB Mathematik und Informatik

Corinna Blasse:  Entwicklung einer Datenbank krebsrelevanter Medikamente und ihrer Zielmolekule zur Analyse bevorzugter Fragmente in ihren Bindungsstellen
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2009

Katja Küchler:  Simulation von Angiogenese mittels zellulärer Automaten
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2009

Hatice Celik: Simulation und Bestätigung von Interaktionen des Wachstumsfaktor-Signalweges durch Verwendung von Expressionsdaten aus Perturbationsexperimenten
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2009

Kersten Döring:  Implementation and application of machine learning approaches for toxicity prediction
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2009

An Duc Dang: Integration von Expressionswerten und Affinitäten in die Simulation von Apoptose via Bcl-2
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2009

Firdevs Topcu-Alici: Automatisierter Proteom- und Genomvergleich verschiedener Spezies in Bezug auf ihre Krebsinzidenz
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2009

Marcus Schroeder: RNA structure validation using an information theoretical approach based on a structure alphabet
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2009

Marcin Olszewski: Analyse von molekularen Deskriptoren zur Vorhersage der Toxizität kleiner organischer Moleküle
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2009

Roza Parol: Webapplikation zur wissensbasierten Toxizitätsvorhersage an Hand eines binären Entscheidungsbaums
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2008

Peter Moor: Schnelle Berechnung sequenzunabhängiger Strukturalignments unter Benutzung einer Hash-Tabelle
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2009

Joachim von Eichborn: JAIL Klassifikation von Protein-Interaktionsflächen
Master Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2008

Mathias Dunkel: 3D Konformationsdatenbanken für das in silico Screening
Dissertation (Dr. rer. medic.), Medizinische Fakultät Charité - Universitätsmedizin Berlin

Stefan Günther: Wissensbasierte Analyse von Biomolekülen zur Vorhersage ihrer Wechselwirkungen
Dissertation (Dr. rer. nat.), Freie Universitaet Berlin, FB Biologie, Chemie, Pharmazie

Christian Scholz: Generierung eines Petri-Netzes zur quantitativen Simulation von Signalkaskaden der Apoptose
Master Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2008

Lena Berger: Generierung und Implementierung einer Datenbank volatiler, organischer Substanzen
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2008

Carolin Heeger: Generierung und Implementierung einer Datenbank von Proteinbindungsstellen
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2008

Konstantin Pentchev: Graph-based Simulation of Apoptosis using Petri Nets
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2008

Gady Goldsobel: Implementierung einer Cytochrom P450 Datenbank
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2008

Melanie Füllbeck: In silico und in vitro Screening von Proteinliganden zur Apoptoseinduktion
Dissertation (Dr. rer. nat.), Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I

Björn Grüning: Vergleichende Analyse des Genoms von Mensch und Schimpanse bezüglich der Ursachen der unterschiedlichen Krebsinzidenz
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2007

Paul Theodor Pyl: Wirkungsvorhersage potentieller Medikamente auf Basis struktureller Fingerprints
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2007

Dominic Jansen: Strukturbasierte Analyse und Vorhersage von Ligandenbindungsstellen auf Proteinoberflächen
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2007

Christian Senger: Drug-Target: Integration von Wirkstoff-Ziel-Beziehungen und Signalkaskaskaden zur Vorhersage von Nebenwirkungen
Master Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2006

Christian Ivascu: Design und Docking von BH3-Helices als Modellsubstanzen zur Apoptoseinduktion
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2006

Christian Scholz: Generierung von zellulären Fingerprints zur Charakterisierung der apoptotischen Wirkung potentieller Krebstherapeutika
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2006

Jochen Ismer: Homologie Modellierung bei G Protein gekoppelten Rezeptoren
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2006

Christian Herrberger: Theoretische und Experimentelle Untersuchungen zur Apoptose-Induktion in Krebszellen
Master Thesis (Biotechnology), Technische Fachhochschule Lausitz 2005

Stefanie Neumann: Chem-informatisches Informationssystem für die Apoptoseforschung
Master Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2005

Christian Senger: Bindungskonformationen von Medikamenten
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2005

Jan-Peter Seifert: Integration von in vitro Daten in das in silico Screening
Master Thesis, Technical University of Applied Sciences (TFH), Bioinformatics 2005

Mester, Nina: Implementierung von Suchalgorithmen für eine 3D-Naturstoff-Datenbank und Vergleich mit zugelassenen Medikamenten.
Diploma Thesis (Bioinformatics), Fachhochschule Gießen 2005

Neumann, Stefanie: Implementierung von 2D- und 3D-Suchen in einer Konformationsdatenbank von Naturstoffen: Eigenschaftsvergleich mit Medikamenten
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2004

Niemann, Michaela: In silico Screening nach Apoptose induzierenden Betulinsäure-Derivaten
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2004

Wolf, Antje: Strukturbasiertes Design diskontinuierlicher Epitope mit Hilfe von Peptid-Bibliotheken
Bachelor Thesis (Bioinformatics), Freie Universitaet Berlin 2004

Herrberger, Christian: Lipoxygenase-Inhibitoren
Bachelor Thesis (Biotechnology), Technische Fachhochschule Lausitz 2004

Günther, Stefan: Classification of DNA binding sites by local similarity
Master Thesis, Technical University of Applied Sciences (TFH), Bioinformatics 2004

Jäger, Ines: Mapping of non-linear epitopes via structure based peptide library design
Master Thesis, Technical University of Applied Sciences (TFH), Bioinformatics 2004

Schmidt, Ulrike: Design von p24 Oligomerisations-Inhibitoren
Bachelor Thesis, Freie Universitaet Berlin 2003

Siegel, Christina: In silico Screening nach Chitinase-Hemmstoffen
Bachelor Thesis, Freie Universitaet Berlin 2003

Wildenhain, Jan: A Derived Database of Essential Drugs
Bachelor Thesis, Freie Universitaet Berlin 2003

Dunkel, Mathias: Implementierung und Validierung einer Toxizitätsdatenbank medizinisch relevanter Moleküle
Diploma Thesis in Informatics, Technische Fachhochschule Lausitz 2003

Füllbeck Melanie Signalosome-Inhibitoren
Master Thesis, Technical University of Applied Sciences, Berlin 2003